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El 14 de noviembre de 2006 se lanzó Sonic the Hedgehog (referido comúnmente como Sonic ‘06). Es un juego de plataformas desarrollado por Sonic Team y publicado por SEGA. Se tenía la intención de que fuera un reboot para la franquicia para la VII generación de consolas. Los jugadores controlan a Sonic, Shadow y al nuevo personaje, Silver, mientras tratan de derrotar a Solaris, un ente maligno antiguo perseguido por Doctor Eggman. Cada personaje tiene su propia campaña y habilidades, y debe completar niveles, explorar mundos centrales y enfrentar jefes para avanzar en la historia. En modos multijugador, los jugadores pueden cooperar para conseguir las esmeraldas Chaos, o correr hasta culminar un nivel.

El desarrollo de Sonic the Hedgehog comenzó al inicio de 2005, liderado por el co-creador de Sonic, Yuji Naka. Sonic Team buscó crear un juego en la vena de los filmes se superheroes como Batman Begins, esperando avanzar la serie con un tono más realista y múltiples estilos de gameplay. Aunque fue recibido con elogios por la prensa de videojuegos durante las muestras antes del lanzamiento, surgieron problemas después de que Naka renunciara para formar su propia compañía, Prope, y el equipo se dividió para trabajar en Sonic and the Secret Rings. Sonic Team se apresuró con las etapas finales del desarrollo, cortando varios elementos y eliminando los planes para los ports de Wii y Windows.

SEGA insistió en lanzar Sonic the Hedgehog a tiempo para la temporada de compras navideñas de 2006, con tal de que coincidiera con el XV aniversario de Sonic. Se lanzó primero en Xbox 360, y luego salió para PlayStation 3, con muy malas reviews por sus tiempos de carga, cámara, historia, actuación de voz, glitches y controles. Es considerado en consenso como el peor juego de Sonic, hasta el punto de dañar severamente la reputación de la franquicia. En 2010, SEGA quitó de las tiendas todos los juegos de Sonic con puntuaciones de Metacritic por debajo del promedio para incrementar el valor de la franquicia, incluyendo Sonic the Hedgehog.
Sonic Team inició la planeación de lo que sería Sonic the Hedgehog después de terminar Billy Hatcher and the Giant Egg y Sonic Heroes. Comenzaron a trazar elementos del juego con un tono realista y el motor de físicas; inicialmente no estaba relacionado a Sonic, pero se convirtió en un juego de Sonic después de que SEGA le pidiera a Sonic Team que trabajara en uno. Sonic the Hedgehog fue concebido para la VI generación de consolas, pero Sonic Team se dio cuenta de que coincidiría con el XV aniversario de la franquicia de Sonic y decidió desarrollarlo para la VII generación de consolas como PS3 y 360. Según el co-creador de Sonic, Yuji Naka, quien era el jefe de Sonic Team en ese entonces, Sonic Team recibió especificaciones para la VII generación de consolas a finales de 2004 y comenzaron a desarrollar demos técnicas cuando obtuvieron kits de desarrollo software a inicio de 2005.

Naka quería que el primer Sonic para la VII generación de sistemas alcance una audiencia amplia. Él destacó el éxito de los filmes de Superhéroes como Spider-Man 2 y Batman Begins: “Cuando Marvel o DC Comics convierten a sus personajes en filmes, ellos están considerándolos blockbusters, grandes éxitos, y eso es lo que tratábamos de emular”. Sonic Team usó el mismo título del primer juego de SEGA Genesis, para indicar que sería un avance importante de los juegos anteriores.

